艾丽丝从上部的丧尸群中逃离，可是她却依然逃不出这场恶梦。经过安布雷拉公司地下生化实验室的改造，她被赋予了超人的力量速度和感知能力，现在她必须担负起保护人类的工作，继续开始与丧尸的战斗。 　　T病毒仍然在浣熊市内肆虐蔓延，那些感染病毒的丧尸也成为威胁整个人类的因素，必须在它们更加强大之前找到T病毒的来源和有效控制它的方法，以解决整个人类陷入基因突变的绝境。为了这个目的，同时也是为了找出和拯救浣熊市内可能幸存的同胞，艾丽丝和刚刚被保护伞公司抛弃的特种防卫队队员吉尔、以及佩顿、L.J.、尼克莱以及队长卡洛斯组成调查组，再一次深入到浣熊市腹地。 　　除了面对丧尸大军、变种怪物，他们遇到了更加强大的敌人，这个被称为“追踪者”的怪物是第一集中受伤的马特在接受安布雷拉公司的“奈密斯计划”之后变异而成，它被输入了毁灭一切生物的指令，并且它还拥有强大的电磁炮和火箭弹拥有惊人的破坏力。而艾丽丝却也是这个计划的一部分，身为“复仇女神”的她和身为“追踪者”的马特，谁才是人类的进化方向？ 　　故事最终，安布雷拉公司在逼不得已的情况下，开启最终计划“消毒”，“消毒”其实是使用核弹将整个城市毁灭。但是最终病毒并没有完全消灭。